1974. aasta maikuus algatas Tallinnast Iisakusse elama asunud Daniel Vardja Iisaku Keskkoolis muuseumitoa sisustamise. Juba sama aasta 9. juunil tegi ta koos abikaasa Helmi Vardja ja paari abilisega Liivaküla Sillavälja tallu esimese kogumisretke. Sealt toodi üks saja-aastane sirp ning mõned sama vanad koodid. Järgneva aasta jooksul koguti vanavara juba nii palju, et muuseumitoast jäi väheseks. Iisaku Keskkooli direktori Endel Mölderi käskkirjaga 1. oktoobrist 1975 asutati kooli juurde koduloomuuseum.
1979. aastal eraldati muuseumile Esimese maailmasõja ajal ehitatud koolimaja, mis pärast uue koolimaja lisakorpuse ehitamist seisis kasutuna. Endine koolimaja ehitati Alutaguse Metsamajandi ja Iisaku Näidissovhoosi abiga muuseumiks. Ehitustöödel olid abiks paljud õpilased ja nende vanemad. Iisaku Keskkooli
Koduloomuuseum avati pidulikult 19. augustil 1983.
Järgnevatel aastatel kogus Iisaku muuseum tuntust, mida näitas ka külastajate hulga suurenemine. Muuseumi kasutati mitmesuguste ürituste ja kokkusaamiste kohana. Oma koht oli muuseumil Eesti taasiseseisvumise aastatel. Daniel Vardja töötas muuseumi juhatajana 1991. aastani. 1997. aastal nimetati Iisaku Gümnaasiumi Koduloomuuseum Iisaku vallamuuseumiks. 1998. aastal anti Iisaku muuseumile riigimuuseumi staatus. 17. aprillil 2003. aastal sai Iisaku Muuseum enda kasutusse peahoone vastas üle tee asuva endise vallamaja. Selle ühte tiiba kasutatakse ajutiste näituste eksponeerimiseks. Tulevikus peab hoone olema rakendatud täies mahus. 01.03.2013.a. muudeti muuseum taas vallamuuseumiks ning 01.01.2016 aastast SA Iisaku Kihelkonna Muuseumiks.
